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Resolução comentada
A oração 'que ele venha a São Paulo' completa o verbo transitivo direto 'esperar'.
O verbo 'esperar', no sentido de ter esperança, é transitivo direto. A oração iniciada por 'que' funciona como seu objeto direto e equivale a 'Espero isso'. Por isso é subordinada substantiva objetiva direta.
Análise das alternativas
B) Errada: o verbo não pede preposição. C) Errada: a oração não é sujeito, pois o sujeito de 'espero' é 'eu'. D) e E) Erradas: as orações adjetivas são introduzidas por pronome relativo e se referem a um substantivo, o que não ocorre aqui, já que o 'que' é conjunção integrante.
Referência: Gramática normativa: orações subordinadas substantivas.
Resolução comentada do VaiConcursos.